ดร. สมิธ ได้เดินทางมาสู่ประเทศไทย เพื่อต้องการศึกษาปลาน้ำจืดชนิดหนึ่ง ที่มีความสามารถพิเศษแตกต่างไปจากปลาชนิดอื่น ๆ นั่นคือ ปลาเสือพ่นน้ำ (Toxotes spp.) ซึ่งเป็นปลาพื้นบ้านของภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้

ในระยะเวลานั้น ทางราชการไทย ได้ดำริจัดตั้งหน่วยงานราชการขึ้นมากำกับดูแลงานทางด้านสัตว์น้ำขึ้นมาในปี พ.ศ. 2464 โดยใช้ชื่อว่า หน่วยเพาะพันธุ์ปลาหรือหน่วยงานบำรุงและรักษาสัตว์น้ำ ขึ้นตรงต่อกระทรวงเกษตราธิการ (กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ในปัจจุบัน) และแต่งตั้งให้ ดร.สมิธ ดำรงตำแหน่ง Adviser in fisheries to His Siamese Majesty's Govermment ในปี พ.ศ. 2466 โดยจัดสำนักงานให้ที่วังสุริยง (นางเลิ้ง) งานขั้นแรกคือการสำรวจว่าสัตว์น้ำที่มีอยู่ในประเทศไทยมีมากน้อยเท่าใด เพื่อนำมาประกอบการเพาะพันธุ์ การบำรุงพันธุ์พันธุ์สัตว์น้ำ เพื่อขยายผลในเชิงอุตสาหกรรมต่อไป ซึ่งผลในการสำรวจจะจำแนกในทางชีววิทยา โดยมีภาพประกอบและจัดรวบรวมไว้เป็นหมวดหมู่ โดยการสำรวจในน่านน้ำจืด และในน่านน้ำทะเล ทั่วราชอาณาจักรไทย และจัดกลุ่มเป็นหมวดหมู่ พร้อมทั้งยังได้เขียนหนังสือที่กล่าวถึงทรัพยากรในประเทศไทยซึ่งรู้จักในนามของหนังสือ "อนุกรมวิธาน" และยังเขียนบทวิจารณ์ถึงทรัพยากรของประเทศไทยพร้อมทั้งให้คำอธิบายและรายละเอียดและข้อแนะนำในการบริหารจัดการอนุรักษ์ทรัพยากรสัตว์น้ำของประเทศไทย โดยเขียนหนังสือที่ชื่อ A Review of the Aquatic Resources and Fisheries of Siam, with Plans and Recommendation for the Administration, Conservation and Development เสนอต่อกระทรวงเกษตราธิการและได้นำเสนอทูลเกล้า ฯ และอนุมัติให้มีการตีพิมพ์เผยแพร่ และต่อมาก็ได้มีพระบรมราชโองการ ลงวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2469 ให้ตั้งกรมรักษาสัตว์น้ำขึ้นในกระทรวงเกษตราธิการ ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ ดร.ฮิว แมคคอร์มิค สมิท เป็นเจ้ากรมรักษาสัตว์น้ำ (ปัจจุบันคือ กรมประมง)

ดร. ฮิวจ์ แมคคอร์มิค สมิธ มีผลงานทางด้านการค้นพบความหลากหลายทางชีวภาพและทำการอนุกรมวิธานไว้มากมาย โดยค้นพบชนิดพันธุ์ของสัตว์ประเภทต่าง ๆ ทั้งสัตว์น้ำ สัตว์เลื้อยคลาน สัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ สัตว์ปีก พรรณพืช ไว้ไม่ต่ำกว่า 25 ชนิด อาทิ ปลาเทพา (Pangasius sanitwongsei), ปลาบู่รำไพ (Magilogobius rambaiae) และมีผลงานเป็นหนังสือที่ยังใช้อ้างอิงมาจนถึงปัจจุบัน คือ The Fresh Water Fishes of Siam, or Thailand ในปี พ.ศ. 2488 (ค.ศ. 1945) และมีความสำคัญต่อประเทศไทย คือ เป็นอธิบดีกรมประมงคนแรก ที่ได้บุกเบิกงานทางด้านการค้นคว้าศึกษาทรัพยากรทางน้ำตราบจนปัจจุบัน

ดร. ฮิวจ์ แมคคอร์มิค สมิธ เสียชีวิตในวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2491 (ค.ศ. 1948)